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最終更新: 2013-3-01

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PDBj 構造検証/登録ポータルサイト

PDBj 構造検証/登録ポータルサイトへようこそ!

お困りですか?

構造の検証/登録に関して疑問がありましたら、まず初めに「登録チュートリアル」をご覧ください。サポートが必要な場合は、お問い合わせください。構造の検証/登録およびチュートリアルに関するご質問, コメント, ご提案等に、是非ご利用ください。


構造解析データ登録ツール

検索

既に公開されているPDBエントリで使用されている低分子化合物は、Ligand Expoで検索可能です。登録しようとしている構造解析データに含まれる低分子化合物が新規のものではない場合、Ligand Expoで表示される低分子化合物の3文字コードや原子名をご利用ください。

登録しようとしている蛋白質や核酸の配列が、UniProtKBで入手可能であることを確認してください。蛋白質から直接決定されたアミノ酸配列についてはSPIN (the UniProtKB submission tool) から、核酸配列が明らかなものはINSDC参加機関の登録ツール (DDBJのSAKURA, EMBLのWebin, GenBankのBankIt) から登録可能です。構造登録に際して、これらのデータベースに配列情報を登録することが奨励されています。

構造検証

構造解析データを登録する前に、PDBjの構造検証サーバで構造の妥当性を検証してください。

» ADIT validation logoADIT構造検証サーバ

登録

構造解析データの検証が済みましたら、PDBjの構造登録システム ADIT, PDBjのADIT-NMR (NMR構造解析データの場合) から構造解析データを登録してください。他のwwPDBメンバーが提供する登録サーバへのリンクは、wwPDBのウェブサイトにございます。

» ADIT logoADIT

» ADIT-NMR logoADIT-NMR

NMRで構造決定された、23残基以下のペプチド, 3塩基以下の核酸, および3つ以下の糖から成る生体高分子のNMR構造データの登録は、BMRBのSMSDepをご利用ください。

電子顕微鏡により構造解析された場合、PDB登録に先立ってEMDBへの電子密度データ登録をお済ませください。電子顕微鏡による電子密度は、PDBeまたはRCSBのEmDepから登録戴けます。

登録後は…

登録後、登録者にはPDB IDとRCSB IDを記載した電子メールが送付されます。

後日、登録エントリについての構造検証の結果および登録者への問い合わせ事項等をまとめた電子メールを、wwPDBの編集者からcontact authorに記載された方宛に送付いたします。受け取られた方は、電子メールにて英語でwwPDBの編集者と連絡を取り合います。


編集ポリシーと手続き

Data Processing and Annotation Procedures Manual (updated December 2008)
PDBjおよびRCSBにおける登録データ編集マニュアル
File Format Documentation
wwPDBで公開しているファイルのフォーマットに関する情報
wwPDB Annotation Documentation
wwPDBにおける登録データの編集手順および編集ポリシー。登録前に “Processing Procedures” および “Annotation Policies” を必ずお読みください。
Theoretical Model Policy Statement
理論構造データついてのwwPDBの方針 (現在、登録は受け付けておりません)。
Data Deposition and Release Policies
データの登録と公開に関するポリシー。PDBjにおけるrelease requestの締切りは、日本時間の木曜日正午です。
登録チュートリアル (日本語, ハングル, 簡体中国語, 繁体中国語, 英語)
ブラウザの設定により、適切な言語のチュートリアルが表示されます。もし、ご希望の言語で表示されない場合は、“How to set the default document language” を参考に、ブラウザを設定してください。

お知らせ

2012-12-4
2013年2月6日以降にPDBに登録される座標と実験データは、同じ公開条件(ステータス)に従います。 ご不明な点はinfo@wwpdb.orgまでお問い合わせください。

» 過去のお知らせ


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