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업데이트: 2013-3-01

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알림 | 등록 튜토리얼 (en, ja, ko, zh-cn, zh-tw) | 구조 확인 및 등록 | 편집 방침과 절차 | 문의처


PDBj 구조 검증/등록 포탈 사이트

PDBj 구조 검증/등록 포탈 사이트에 오신걸 환영합니다 !

무엇을 도와 드릴까요 ?

구조 검증/등록에 관한 의문사항이 계시면, 우선 「등록 튜토리얼」을 참고 하십시요. 더 자세한 도움이 필요하신 경우는 직접 문의처 바랍니다. 구조 검증/등록 및 튜토리얼에 관한 질문, 커멘트, 제안사항등이 계시면 연락 주십시요.


구조 해석 데이터 등록 툴

검색

이미 공개 되어있는PDB엔트리를 사용하고 있는 저분자 화합물은 Ligand Expo로 검색가능합니다. 등록 하실려고 하는 구조 해석 데이터에 포함 되어있는 저분자 화합물이 새로운 화합물이 아닌 경우에는, Ligand Expo라고 표시되어 있는 저분자 화합물의 3문자 코드나 원자명을 이용하십시요.

등록 하실려고 하는 단백질이나 핵산의 배열이 UniProtKB를 사용해서 정보를 얻을 수 있는지 확인하십시요. 단백질로부터 직접 결정된 아미노산 배열에 관해서는 SPIN (the UniProtKB submission tool)을 사용해서, 핵산배열이 확실한 경우는 INSDC 참가기관의 등록 툴(DDBJ의SAKURA, EMBL의Webin, GenBank의BankIt)을 사용해서 등록하십시요. 구조등록에 있어서, 배열정보를 데이터 베이스에 복수 등록하시길 바랍니다.

구조검증

구조 해석 데이터를 등록하기 전에, PDBj의 구조검증 시스템으로 구조의 타당성을 검증하십시요.

» ADIT validation logoADIT구조검증 시스템

등록

구조 해석 데이터의 검증이 끝나면, PDBj의 구조 등록 시스템 ADIT, PDBj의ADIT-NMR(NMR 구조 해석 데이터의 경우)를 이용해 구조 해석 데이터를 등록하십시요. 다른 wwPDB 멤버가 제공하는 등록 서버 링크는 wwPDB의 웹사이트에 있습니다.

» ADIT logoADIT

» ADIT-NMR logoADIT-NMR

NMR을 이용해 결정한 구조가 23잔기 이하의 펩티드, 3염기 이하의 핵산, 및 3개 이하의 당으로 된 생체 고분자의 경우는, BMRB의SMSDep를 이용하여 NMR 구조 데이터를 등록합니다.

전자 현미경에 의한 구조 해석의 경우는, EMDB의 전자밀도 데이터 등록을 마친신 뒤 PDB에 등록 하시길 바랍니다. 전자 현미경에 의한 전자밀도는, PDBe 또는 RCSB의 EmDep를 사용해서 등록합니다.

등록후는は…

등록후, 등록자에게 PDB ID와RCSB ID를 기입한 전자 메일이 송신됩니다.

등록 종료 수일 뒤 등록 엔트리에 대한 구조 검증 결과 및 등록자의 문의사항등을 담은 전자메일이 wwPDB의 편집자로부터 contact author에 기재된 사람에게 송신 되어 집니다. 메일을 받은 사람은 전자메일로 (영어 사용) wwPDB의 편집자와 연락을 해주시길 바랍니다.


편집 방침과 절차

Data Processing and Annotation Procedures Manual (updated December 2008)
PDBj 및 RCSB의 등록 데이터 편집 메뉴얼
PDB File Format Information
wwPDB에서 공개하고 있는 파일 포멧에 관한 정보
wwPDB Annotation Documentation
wwPDB의 등록 데이터 편집순서 및 편집방침. 등록전에 “Processing Procedures ” 및 “Annotation Policies”를 꼭 읽어 주시길 바랍니다.
Theoretical Model Policy Statement
이론 구조 데이터에 관한 wwPDB의 방침 (현재는 등록이 되지 않습니다).
Data Deposition and Release Policies
데이터의 등록과 공개에 관한 방침. PDBj의 release request의 마감은 일본시간으로 목요일 정오입니다.
登録チュートリアル (日本語, ハングル, 簡体中国語, 英語)
브라우져의 설정에 따라서 적절한 언어의 튜토리얼이 표시 되어집니다. 만약 희망하는 언어로 표시되지 않으면, “How to set the default document language”를 참고해서 브라우져를 설정 하십요.

알림

2012-12-4
Effective February 6, 2013, coordinates and experimental data deposited in the PDB will follow the same release status. (wwPDB News...)

» 지난 뉴스


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