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PDBj Top | ADIT logo등록 서버 | ADIT validation logo검정 서버 | 연락 문의처 How to set the default document language


등록 완료까지의 흐름

구조 해석 완료 후, 구조 해석 데이터를 PDB 및 BMRB에 등록하기까지의 순서를 개략적으로 보이겠습니다. 각 항목의 상세한 내용은 링크 페이지를 참고하십시요.


등록에 필요한 사항의 확인

등록 작업을 개시하기전에, 등록자가 꼭 확인해야 할 사항이 있습니다. 등록작업을 원활히 진행하기 위해서는, 반드시 「등록전 확인사항」을 확인하십시요.

각종 파일의 준비

등록에 필요한 파일을 준비합니다. 구조 해석의 방법에 관계없이 좌표 파일은 필요합니다. 상세한 정보는 「원자 좌표 파일의 준비」를 참고 하십시요. 그리고, 해석 방법에 따라 이하의 파일이 필요합니다. 등록 작업을 원활히 진행하기 위해, 해석의 각 단계에서 사용되는 프로그램 로그 파일 등을 준비하십시요. PDB Extract를 사용하여, 각종 로그 파일로부터 등록 정보를 추출하면 (후기), 등록작업의 수동입력을 대폭적으로 줄일 수 있습니다. 상세한 내용은 「각종 프로그램의 로그 파일의 준비」를 보시길 바랍니다.

X선 또는 중성자선 결정구조 해석
구조 인자 또는 회절 강도 파일이 필요합니다. 상세한 내용은 「구조 인자 파일의 준비」를 보시길 바랍니다.
NMR을 이용한 구조 해석
NMR 거리 제한 정보 파일이 필요합니다. 그리고, 화학 이동 등의 NMR 실험 파일을 wwPDB 멤버의 Biological Magnetic Resonance Bank에 등록 가능합니다.

등록 정보 추출

해석의 각 단계에서 사용되는 프로그램 로그 파일로부터 등록에 필요한 항목을 추출합니다. 출력되는 mmCIF 파일을 등록에 사용함으로써, 등록작업에서의 수동입력의 대폭적인 감소와 입력 실수를 줄일 수 있습니다. 꼭 필요한 작업은 아니지만, 자동추출을 권장합니다. 자세한 내용은 「등록 정보 추출」을 참고 하시길 바랍니다.

구조 검정

등록할려고 하는 구조에 입체화학적으로 부적절한 곳이 없는지 검정합니다. 등록에 사용되는 좌표 파일과 구조 인자등의 실험 데이터 파일을 사용하여 등록 작업을 개시하기 전에 반드시 실시하십시요. 자세한 내용은 「등록 데이터 검정」을 참고 하시길 바랍니다.

등록

웹브라우져를 통해 구조 해석 데이터의 등록 작업을 실시합니다.

편집

등록된 데이터가 wwPDB의 편집자에 의해서 공개에 적절한 형식으로 편집됩니다. 편집자와 등록자간의 커뮤니케이션은 전자메일을 이용하여 영어로 실시됩니다.

공개

등록자가 지정한 기한에 구조 해석 데이터가 공개됩니다. 그리고, 공개전에 한해서 공개의 취소가 가능합니다. 만일, 등록자와 연락이 되지 않는 경우, 등록후 1년이 경과되면 자동적으로 공개됩니다.


본 튜토리얼은 wwPDB 에 구조 해석 데이터를 등록하는 절차를 등록자의 편의를 도모하여 PDBj 가 한국어로 설명한 것입니다. PDB로 공개하는 파일의 서식 및 wwPDB 데이터 등록에 관한 공식문서는 “Annotation Documentation”입니다. 그리고, PDBj 및 RCSB PDB에 따른 등록 데이터의 편집방침에 관한 공식문서는 “Data Processing and Annotation Procedures Manual”입니다. 본 튜토리얼은 공식문서를 충실히 설명하도록 하였습니다만, 만약 본 튜토리얼과 공식문서간에 불일치가 있으면 공식문서의 기술이 우선됩니다.


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