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最近更新: 2013-3-01

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PDBJ数据检验及登记入口

欢迎进入PDBJ数据检验及登记门户网站!

是否需要帮助?

如有疑问,请先阅读 “数据登记指南”。如需更多帮助,请联系我们。并请对我们的检验/登记数据服务和数据登记指南提出质疑,指正以及建议。


有关数据登记的各种有用工具

搜索

请在Ligand Expo搜索所有在PDB已发布的结构解析数据中使用过的低分子化合物。如果所登记的结构解析数据中含有已发布的化合物,则请采用Ligand Expo中记载的残基名和原子名。

请在UniprotKB搜索并确认所登记的结构解析数据中所包含的蛋白质或者核酸的序列。如果UniprotKB没有该序列的资料,则请向相关数据库提交登记该序列。由蛋白质测定的氨基酸序列可从SPIN (the UniProtKB submission tool) 提交登记; 已有核酸序列信息的序列,可从INSDC成员(DDBJ的SAKURA, EMBL的Webin, GenBank的BankIt)提交登记。

检验数据

提交登记数据之前,请务必使用 PDBJ的检验服务器对所登记的结构数据进行检验。

» ADIT validation logoADIT检验服务器

登记数据

完成数据的检验之后,请从PDBj的结构数据登记系统ADIT, 或者 PDBj的ADIT-NMR (NMR结构) 提交登记数据。 wwPDB的网站上有PDB其他成员提供的数据登记服务器的连接。

» ADIT logoADIT

» ADIT-NMR logoADIT-NMR

所有未满24残基的多肽,未满4残基的核酸,或者由3个以下 (包括3个) 的糖组成的生物大分子的NMR结构解析数据,请向BMRB的SMSDep提交登记。

由电子显微镜解析的结构数据,请先由PDBe或者RCSB的EMDep提交电子密度数据。 permitting the user to supply the EMD-id as an associated entry with their ADIT deposition.

登记提交之后...

数据登记提交之后,登记人将会收到确认邮件,里面记述了该数据的PDB ID和RCSB ID。

数日后,所登记数据的所有联系人将收到wwPDB的编辑人员的电子邮件,邮件包括数据检验结果报告,和对该数据的质疑等等。登记人与编辑人员之间进行必要的英语邮件交流,以完善所登记数据。

请以英语提出质疑,意见和建议,并发送至PDBj annotation master。如果针对某个特定数据提出质疑,请注明该数据的RCSB ID。


数据编辑细则及流程

Data Processing and Annotation Procedures Manual (2008年12月更新)
PDBj和RCSB在处理数据时所遵循的原则。
PDB File Format Documentation
wwPDB所提供文件的格式的说明。
wwPDB Annotation Documentation
wwPDB的数据编辑的细则和流程的说明。请在数据登记前仔细阅读 “Processing Procedures” 以及 “Annotation Policies” 的相关文件。
wwPDB有关理论模型的结构数据的细则
数据登记和发布有关细则。有关数据发布的要求的受理期限为预定发布日前一周的周四中午12:00 (日本当地时间)。
PDB Data Release Policies
Policy document for data depositon and release. Please note that deadline for the release request in PDBj is 12:00 noon JST (Japan Standard Time) on the preceding Thursday.
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最新消息

2012-12-4
Effective February 6, 2013, coordinates and experimental data deposited in the PDB will follow the same release status. (wwPDB News...)

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