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最近更新: 2013-3-01

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PDBJ數據檢驗及登記入口

歡迎進入PDBJ數據檢驗及登記門戶網站!

是否需要幫助?

如有疑問,請先閱讀 “數據登記指南”。如需更多幫助,請聯系我們。並請對我們的檢驗/登記數據服務和數據登記指南提出質疑,指正以及建議。


有關數據登記的各種有用工具

搜索

請在Ligand Expo搜索所有在PDB已發布的結構解析數據中使用過的低分子化合物。如果所登記的結構解析數據中含有已發布的化合物,則請采用Ligand Expo中記載的殘基名和原子名。

請在UniprotKB搜索並確認所登記的結構解析數據中所包含的蛋白質或者核酸的序列。如果UniprotKB沒有該序列的資料,則請向相關數據庫提交登記該序列。由蛋白質測定的氨基酸序列可從SPIN (the UniProtKB submission tool) 提交登記; 已有核酸序列信息的序列,可從INSDC成員(DDBJ的SAKURA, EMBL的Webin, GenBank的BankIt)提交登記。

檢驗數據

提交登記數據之前,請務必使用PDBJ的檢驗服務器對所登記的結構數據進行檢驗。

» ADIT validation logoADIT檢驗服務器

登記數據

完成數據的檢驗之後,請從PDBj的結構數據登記系統ADIT, 或者PDBj的ADIT-NMR (NMR結構) 提交登記數據。wwPDB的網站上有PDB其他成員提供的數據登記服務器的連接。

» ADIT logoADIT

» ADIT-NMR logoADIT-NMR

所有未滿24殘基的多肽,未滿4殘基的核酸,或者由3個以下 (包括3個) 的糖組成的生物大分子的NMR結構解析數據,請向BMRB的SMSDep提交登記。

由電子顯微鏡解析的結構數據,請先由PDBe或者RCSB的EMDep提交電子密度數據。 permitting the user to supply the EMD-id as an associated entry with their ADIT deposition.

登記提交之後...

數據登記提交之後,登記人將會收到確認郵件,裏面記述了該數據的PDB ID和RCSB ID。

數日後,所登記數據的所有聯系人將收到wwPDB的編輯人員的電子郵件,郵件包括數據檢驗結果報告,和對該數據的質疑等等。登記人與編輯人員之間進行必要的英語郵件交流,以完善所登記數據。

請以英語提出質疑,意見和建議,並發送至PDBj annotation master。如果針對某個特定數據提出質疑,請注明該數據的RCSB ID。


數據編輯細則及流程

Data Processing and Annotation Procedures Manual (2008年12月更新)
PDBj和RCSB在處理數據時所遵循的原則。
PDB File Format Documentation
wwPDB所提供文件的格式的說明
wwPDB Annotation Documentation
wwPDB的數據編輯的細則和流程的說明。請在數據登記前仔細閱讀 “Processing Procedures” 以及 “Annotation Policies” 的相關文件。
wwPDB有關理論模型的結構數據的細則
wwPDB有關理論模型的結構數據的細則 (目前wwPDB不接受理論模型結構數據的登記)。
PDB Data Release Policies
數據登記和發布有關細則。有關數據發布的要求的受理期限爲預定發布日前一周的周四中午12:00 (日本當地時間)。
結構數據登記指南英語版日語版韓語版簡體中文版繁體中文版
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最新消息

2012-12-4
Effective February 6, 2013, coordinates and experimental data deposited in the PDB will follow the same release status. (wwPDB News...)

» 所有消息


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